“捲云号”想儘量靠近“飞龙号”──可是由于靠得太近，它的桅杆被已向左倾斜15°左右的航空母舰撞断。海面上波涛起伏，救援工作特别困难。伤员中有加藤觉海军大尉，上午袭击中途岛后他带着腿伤返航。上了驱逐舰后，由于他的伤腿必须锯掉，于是就在舰上洗澡间里给他作了截肢手术。 [ 註：同上。 ]
久马儘量与机舱的人员保持联繫但太平门全部披大火封住，所以他只好通过传声筒大声鼓励他们：“要坚持！坚持下去！”他听到的最后一声回答是：“没有特殊情况要报告。”后来他又多次想恢復联繫，都没成功。他认为机舱里的人已全部牺牲。其实这时他们已全部转移到附近一个没有传声设备的舱里。
大火唯一没有烧到的地方是飞行甲板的左后部。这时活着的人全部聚集在那里。久马向首席参谋伊藤建议，无论如何也要把山口转移到安全的地方，必要时拖也要把他拖去。
伊藤答道；“即使把他硬拖下去，我敢肯定这个意志坚强的将军以后还会自杀，因为他已决心与舰共存亡。比较妥善的办法还是让他自己决定。” [ 註：久马的答覆。 ]
当时，所有参谋都表示愿和长官生死与共，并推举伊藤为代表将众人的意愿转告山口，但山口坚决反对，他对伊藤说，“诸位愿与我同生共死的美意使我不胜感动，甚为欣慰。但你们年轻人必须离舰。这是我的命令。” [ 註：同上；桥口的陈述。 ]
5日凌晨2时30分，加来下令“弃舰”。20分钟后，山口和加来向舰上大约800名倖存者作了诀别讲话。山口讲的大意是：他身为第二航空母舰战队司令官，对“飞龙号”和“苍龙号”的损失应负全部责任，因此他决意留下。但他命令他们全部离舰，以继续报效天皇。他讲完后，众人“对天皇表示了敬意，高呼万岁，随后降下了战旗和帅旗”。 [ 註：日本的叙述，第9页；《中途岛海战》，第197—198页。 ]
这些仪式之后，伊藤根据久马的建议，向山口将军求索一件纪念品。山口脱下军帽递给伊藤，接着又和加来一起与参谋们作诀别之饮。大家喝的是从旁边一艘驱逐舰上送过来的一小桶水。 [ 註：久马的答覆。 ]
加来于凌晨3时15分，即宣布“弃舰”45分钟后，下令全体撤离。 [ 註：日本的叙述，第9页。 ] 这道命令已不能再晚了，因为这时航空母舰实际已成了一座“浮动的化铁炉”。不过，撤离工作进行得从容不迫，有条不紊。 [ 註：“悲剧之战”。 ] 伊藤和久马两人最后撤离。他们顺着挂在左舷边的一根绳索攀援而下，上了一隻小船。这时久马再也忍不住了，眼泪扑簌簌地直淌。从1940年12月起他就跟着山口，在他手下工作时间比其他参谋都长，他所崇敬的将军还在舰上，他是不忍心离开的。他说：“长期以来，我一直很崇拜他。我至今还认为，他是我一生中所遇到的最了不起的人。” [ 註：久马的答覆。 ]
山口走上了天谷所勇敢否决的那条自杀道路，成了日本家喻户晓的传奇人物。哪个日本人要是对山口说三道四，那就等于承认自己不喜欢喝茶、讨厌樱花，是令人咋舌的。但是，只要不是感情用事的人都可以看到，山口让自己的参谋人员以及800名舰员在烟火瀰漫、严重倾斜的航空母舰上站上半个多小时，一味地只想着杀生成仁，这无疑是帮了敌人的忙。在总结中途岛战绩时，克莱奥把日本方面损失了山口这样有魄力、有前途的海军将领视为美国方面的重大战果。
4时30分，撤退完毕。5时10分，“捲云号”发射鱼雷击沉“飞龙号”。 [ 註：日本的叙述，第9—10页。 ] “捲云号”舰长藤田勇海军中佐已没有时间观察航空母舰下沉的情况了，因为他收到第十驱逐舰分队司令阿部俊雄海军大佐的命令，便立即离开，去追联合舰队。 [ 註：《惊人的胜利》，第251页。 ]
“飞龙号”的故事还没有完呢。7时30分，宇垣致电阿部：“飞龙号”是否已沉没？希报告事态发展情况及该舰位置。” [ 註：日本的叙述，第39页。 ] 南云闻讯后立即派“长良号”上的一架飞机飞往击沉“飞龙号”的海面上空，以查明这艘被弃航空母舰的现状， [ 註：同上，第11页。 ] 飞机到达该海域上空后，看到的只是一片汪洋。但是，与此同时，从奉“大和号”之命寻找机动部队的轻巡洋舰“凤翔号”上起飞的一架飞机，却发现“飞龙号”仍然漂浮在海上，并且拍下了几张照片，更重要的是，该机还报告说，在烧坏的舰上还有人。
山本将此讯转告南云后，南云立即派“谷风号”驱逐舰去营救倖存者，并说如果“飞龙号”还漂在海上，就将它击毁。但本书很快就要谈到“谷风号”遭到斯普鲁恩斯的俯衝轰炸机袭击的情况。等胜见基舰长摆脱敌机时，“飞龙号”已永远消失了。 [ 註：同上；《中途岛海战》，第199、225页。 ]
当然，“飞龙号”沉没时，并不是所有在舰上的人都死了。6月18日，一架巡逻的美PBY机向中途岛报告说，发现一个救生艇上面有人。赛马德立刻派水上飞机供应舰“巴拉德号”赶赴现场。该舰此行没有白跑，因为它抓到了一批俘虏。他们是“飞龙号”的轮机长和另外34