在训练期间，蒋介石又在庐山校阅了各师的射击手，两次讲了话，他一再说：“我们这一次‘剿匪’，不仅是我们革命全体官兵的荣誉和耻辱，成功和失败所关，而且是我们国家我们民族，生死存亡的关头！”“如果土匪不先剿清，不仅是我们的国家从此没有希望，就是我自己，也要生无立足之地，死无葬身之所。”
第二个阶段是“围剿”进行的后期办的，从1934年7月开始，9月结束，先后也办了三期，每期仍为三周。
这三期的中心内容仍然是“反共”，不过着重进行精神教育，进行所谓“军人魂”的教育。因为这个时候，蒋介石的第五次“围剿”已基本得手，所以不再是满嘴的“反共”词句，而且从更高的角度开展精神教育。1934年7月9日，第一期开张，蒋介石作了题为《做人的根本大道》的开学典礼训词。他说：“本团长此次之所以要召集我们全国的高级和中级官长到此训练，就是要将这个做人的道理与做革命国人的道理，传授于大家。”“这个做人的道理，就是我们各人的灵魂，也就是军队的灵魂，而且是我们整个的国家和民族的灵魂。”进而他说：“这个做人的道理，当然是我们总理的‘三民主义’。”“‘我们国家民族和军队的灵魂，当然亦是总理唯一的三民主义，”“三民主义的基本精神究竟是什么呢？这就是总理在三民主义内所指示我们的中华民族固有的八德：‘忠孝仁爱信义和平！”“实践八德的门径，就是实现主义的着手之处，这个门径和着手之处，是什么呢？就是我们新生活运动中所提出来的革命行动，最高原则--“礼义廉耻””的四维。唯有照着这个礼义廉耻的四维来做，才可以实践八德，才能够实现主义。”接着，蒋介石在9日10日、11日、16日、23日、24日和25日，作了十次讲话。8月6日，第二期开张，蒋介石作了题为《军官训练的目的和方针》的开学典礼训词。他说：“我们各位学员到军官团来受训练，其唯一的目的，是要先寻着我们军人的灵魂，再来挽回我们整个国家的人格！换言之，就是要创造我们军人的新生命，来创造我们新的中华民国！”国家和军人的灵魂是什么呢？蒋介石说：“就是总理所首创的三民主义。”从6日至8日，蒋介石就《军事教育之要旨》作了5次讲话。8月25日，蒋介石在第二期毕业典礼上说：“在第二期的训练期间，本团长因为自己身体不适，以致在最后两周，不能尽到自己的责任，凡要想交给你们的一切精神和重要的讲话，不能-一讲授，这是对于各学员觉得很不安心的一件事！”接着，谈了所谓“作战的要诀。”9月9日，第三期开张，蒋介石作了题为《总理首次革命纪念暨本团第三期开学之意义》的开学典礼训话。他说：“我们此次到军官团受训练意义，就是要使我们全国的革命军人真正能够统一意志团结精神。”“我们此次来受训的目的，简单的讲，就是要听到做人尤其是做革命军人的道理，发扬军人的道德，以增进民族的道德；恢復军人的人格，以提高国家的人格，要回军人的灵魂，以光大国家的灵魂！总之，就是要创造军人的新生命以创造中华民国和中华民族的新生命！”“我们此次来到军官团受训所应抱定的宗旨……就是古人所讲的两句话：‘从前种种，譬如昨日死；以后种种，譬如今日生！”接着，蒋介石在10日、11 日、15日、17日、18日、23日、24日、26日和27日相继作了九次讲话。
蒋介石在第三个阶段三期的二十九个讲话中，主要讲了这么几个问题：第一，鼓吹军人要有一个灵魂。这个灵魂就是蒋记的三民主义；三民主义的基本精神就是“八德”：忠、孝、仁、爱。信、义、和、平；实践“八德”的着手处，就是“明礼义，知廉耻”。当时，蒋介石是想通过这种所谓“灵魂”的教育，来改变军队的政治思想面貌，要树立一个所谓总的奋斗目标。第二，鼓吹“一个政府、一个统帅、一个命令。”这就是要绝对服从蒋介石的领导与指挥。所以，听到“蒋委员长”，马上一个立正，就是从这个时候开始的。第三，鼓吹“不成功，即成仁”的决心。这就是要人们全力以赴为蒋介石卖命。蒋介石在讲话中，还专门分析了日本的“武士道”精神，认为这种精神是从中国学去的，我们要超过这种精神。第四，鼓吹“将过去的一切颓风恶习和一切不好的思想行动，彻底改革，一扫而空。”这种“颓风恶习”是指：“自私自利，贪污卑劣，骄奢淫佚，偷生怕死，互相欺诈，夺权夺利。”蒋介石这样做的目的，是想改善军队的面貌，使官兵能结成一体来为他卖命。当然，在精神教育中，他是把反共作为一个主要内容的。蒋介石在多次讲话中，总结了他历次“围剿”失败的教训，要军官训练团的军官记取。同时，我们也应该看到，在第二阶段的精神教育中，并不像第一个阶段的二十五个讲话那样咬牙切齿满嘴的“反共”语言。而这次更多地讲了“攘外”的问题。
庐山训练的结果，使蒋介石的军队在作风上有了一些改观。当时的第十八军各师，军官的生活和士兵接近了，军官无论职级大小，一律不佩武装带，而与士兵相同，在腰间扎一小皮带，身着布制军装，脚穿草鞋或胶鞋，吃大锅饭。这不仅表示与士兵同甘苦，骗取