当8月份威廉·腓特烈开始动员之际，在布歇指挥之下（皇帝本人在慕尼黑）的法国大军团的兵力分布如下：第一军20,000人，由贝尔纳多特指挥，位于安斯巴赫和纽伦堡；第三军27,000人，由达武指挥，在诺尔德林根的附近。第四军32,000人，由苏尔特指挥，在因河上。第五军22,000人，由勒菲弗尔指挥，在美因河下游地区。（以后改由兰纳斯指挥。）第六军20,000人，由内伊指挥，在依里尔河和上多瑙河。第七军17,000人，由奥热罗指挥，位置在法兰克福周围。老近卫军和青年卫军，共16,400人，由欧丁洛特指挥，留驻巴黎，后改由勒菲弗尔指挥。骑兵军共有28,000人，由缪拉指挥。可是拿破崙直到9月5日才颁发他的第一号作战命令。
那天他写信给布歇，命令他侦察所有从班门堡到柏林的道路，并准备使第四，第六，和第七这三个军，在接到开拔命令后八天之内，全部集结到巴姆堡。四天之后，他写信给布歇说一旦战争发生，他的作战线将是斯塔斯堡----曼海姆----马因斯----沃尔兹堡一线。第二天他又道：“普鲁士人的行动还是依旧莫明其妙。他们是想要接受一次教训。我的骑兵明天出发，近卫军在几天之内也可出发。如果消息继续传来，表明普鲁士人已经丧失了自己的头脑，那么我会直接前进到沃尔兹堡或班门堡。”所以如波纳将军指出的那样，直到此时拿破崙还没有决定他的最后行动方向。如果普军进入美因河下游谷地，他就会把沃尔兹堡当作集中点，如果普军继续徘徊不前，他就会把班门堡作为集中点，再取道德勒斯登或莱比锡，就可以直扑柏林，迫使敌人后退或接受会战。9月13日，他又写信给布歇说：“如果普鲁士军进入萨克森，那么沃尔兹堡就将成为集中点。”九月十五日他又改变初衷，最后决定还是以班门堡为集中点。9月18日，他得知普军已经于9月13日进入萨克森，认为这就是宣战的表示，遂于当夜十一点钟命令近卫军沿着驿站，从巴黎向马因斯进发。同时，他又写了一封长信给他的继子尤金亲王，命令他注意提防奥地利的动向。尤金此时指挥义大利境内的军事行动，他所辖的部队有驻在义大利北部的马塞纳军，共70,000人，以在达尔马提亚的马尔蒙军，共12,000人。
拿破崙对奥地利方面，几乎已经获得了确有把握的消息；他在9月18日和19日，一共口述了一百零二封信件、通信和命令，由他的军政部长克拉克将军笔录。其中最重要的是《有关大军团集中的一般性指示》----这就是耶拿战役的基本文件。根据这个文件，大军团所占领的位置是这样的：
第一军（贝尔纳多特）于10月2日占领纽伦堡。
第三军（达武）于10月3日占领班门堡。
第四军（苏尔特）于10月4日占领阿姆堡。
第五军（勒菲弗尔）于10月3日占领肯尼斯西芬。
第六军（内伊）于10月2日占领安斯巴赫。
第七军（奥热罗）于10月2日占领法兰克福。
辎重纵队于10月3日集中在沃尔兹堡。
野战司令部于10月3日设立在班门堡。
这个命令十分冗长而详细；它是在9月20日发出，在慕尼黑的布歇于9月24日才收到。
9月19日，拿破崙发了一封信给他的兄弟荷兰王路易，在信中他这样的写道：“依照我的意图，你是不必进攻的，但是我希望你能虚张声势来威胁敌人，以便吸引敌军向北。”其后他又告诉路易应在公报上故意夸张他在威塞尔的部队数量。他说：“我希望这些部队10月初已在行动中，因为你的行动只是虚张声势以吸引敌人的注意力，而我可以乘机对于他们加以迂迴。”
同一天，他在弗兰德又成立了一个新军，第八军，由莫提尔指挥，与路易合作共同担负据守莱茵河的任务。
现在，在他的基地已经完全巩固之后，在9月24日到25日夜间，在皇后和塔里兹德随伴下，拿破崙由巴黎向马因斯进发，并于9月28日抵达。第二天，他从布歇那里得知直到9月27日普鲁士军还逗留在埃森拉赫、梅林根和希尔德堡豪森等地附近，所以他有充分时间进入萨克森境内而不会受到严重干扰。这也正是拿破崙所希望知道的消息，所以他在9月29日，指示布歇命令贝尔纳多特占领萨克森隘路，勒菲弗尔监视弗尔达道路；因为如果敌人企图切断他的交通线，一定会取道弗尔达，然后打击在沃尔兹堡或马因斯方向上。
随后他又发了一封长信给荷兰王，在这里他谈到了他的战役计划。一共分为四大要点，在第一点中，拿破崙这样的写道：
“我的意图是要把我的全部兵力，都集中在我的右翼方面，而让莱茵河到班门堡之间的地区几乎完全处于不设防状态。这样我在同一个战场中，就可能集中起来大约二十万人的兵力。如果敌军从马因斯与班门堡之间推进，也不会使我感到烦恼，因为我的交通线是以弗尔克海姆这个小要塞和沃尔兹堡为基地的。可能发生的事情是无法计算的，因为敌人是假设我的左翼在莱茵河上，而右翼则在波希米亚，并相信我的作战线是与我的会战正面相平行的，所以也许会认为迂迴我的左面大有好处。如果这样，我将可以把他丢进莱茵河……大约在10月10日或1