》、《关于中央国家机关汽车配备办法》、《中央国家机关行政经费的开支暂行标准》、《接待外宾须知》等各项规定和制度，都是在习仲勋主持下经过秘书长会议认真讨论修改后通过的，不少是习仲勋亲自修改、反覆斟酌定稿的。时任国务院机关事务管理局局长的高登榜回忆说，在习仲勋的领导和主持下，“国管局进行了卓有成效的基础建设，设机构、定编制，加强组织建设，并且颁发了一系列规章制度，使管理局工作逐步走向科学化、程序化、制度化”，“习仲勋工作细緻严谨”，“对于国管局编写的每份简报，阅读得十分仔细，提出许多具体意见。他时常鼓励我们放手工作，敢于开拓、敢于创新，对一些不够成熟的设想和方案，他也不急于求成，而是提出让办法和措施在实践中检验一下，看能不能行得通，再全面推广”。
在一九五五年三月四日第十三次秘书长会议上，通过了秘书厅“关于全国人大常委会举行会议时，人大常委会办公厅与总理办公室、秘书厅有关工作联繫事项的规定”，协调了三个办公机构之间的密切关係。在这次会议上，经中共中央批准，成立了以习仲勋、齐燕铭为正副书记的国务院机关党组，党组成员还包括常黎夫、张策、龚子荣、陶希晋、曾一凡、杨放之、刘墉如、李琦等。习仲勋要求国务院办公厅秘书厅必须适应国家行政机关工作的发展，逐步提高工作质量和工作效能，采取定期电话联繫，健全报告制度，主动联繫来京的正副省、市长，加强接待工作，为来京人员提供方便等措施，加强和省、市、自治区政府的联繫，为基层服务，克服官僚主义。
在国务院工作期间，习仲勋还十分关心机关工作人员的生括。三年困难时期，他根据周恩来的指示，为机关食堂建立了生产基地，让干部职工自己动手，种地、养猪、磨豆腐，机关干部职工生活很快得到改善，受到大家的称讚。这个办法也迅速堆广到中央各部委和各省市机关，对帮助机关渡过三年经济困难起到了很好的作用。