葡萄牙商馆正是在这样的背景之下开始运营，虽然名为商馆，但实际上也承担着外交使馆的大部分职能，为东北亚地区的葡萄牙商人提供各种信息和服务。
只是因为舟山这个地方的归属权还尚存争议，葡萄牙人又不想因为一些繁文缛节的事情得罪大明，所以便以商馆的名义来运营这个机构。