在1940年4月召开的由蒋介石主持的国民参政会第一届第五次会议上，何应钦作了一个题为《冬季攻势开始以来晋冀鲁各省所发生之不幸事件》的军事报告，大谈所谓“国军自去年冬季攻势开始后，北方各战区连续发生不幸事件，自行对消抗战力量，并给敌军以抽调转用之自由。”攻击中国共产党及其所领导的抗日武装力量“破坏行政系统，建立特殊名称”、“违背现行法令，建立特殊组织”、“利用军队，造成割据”、“利用抗战形势，达成国家民族利益以外之任何企图”。何应钦在回答董必武。梁漱溟的询问时说：“十八集团军在陕北造成一种特殊组织，即所谓‘陕甘宁边区政府’。继又造成‘晋察边区政府’、‘冀中冀南行政主任公署’。均自委官吏，自成风气，自行征收粮税。此外，并擅设银行，发行纸币，至数千万元以上。似此破坏行政系统，违背现行法令，利用军队，造成割据，企图达成国家民族以外之利益，实属非是。至于军队方面……朱总司令等刚电谓其全军有23万众，在中央机关从来无案可稽。据调查该集团不但自由扩军，而且自由行动。”而且叫嚷“目前政府对于各地的不幸事件，在政治上，仍抱宽大态度，希望十八集团军凛于国难之严重，一致团结抗战，但在军事上必须严格要求。任何军队，均应严守军纪，绝对服从军令，如再有轨外行动，必照军纪，予以严厉制裁。” 1940年7月16日，蒋介石又提出一个所谓《提示案》，由参谋总长何应钦、副参谋总长白崇禧提示军事委员会政治部副部长周恩来及第十八集团军参谋长叶剑英。这个《提示案》的要点如下：“一、拟定‘陕甘宁边区’的范围（此时准其包括十八县），改称‘陕北行政区’，暂隶行政院，但归陕西省政府指导。二，划定第十八集团军及新四军作战地境。将冀察战区取消，其冀察两省及鲁省黄河以北，併入第二战区，仍以阎锡山为司令长官，以朱德为副司令长官，秉承军事委员会命令，指挥作战。三。第十八集团军及新四军于奉令后1个月内，全部开到前条规定地区之内。四、第十八集团军准编为三军六个师，三个补充团，另再增加两个补充团。新四军准编为两个师。”很显然，这个《提示案》就是限制中国共产党领导人民进行抗日，这是在抗战中反共的一个先声。同年10月19日，蒋介石又由何应钦、白崇禧联名向第十八集团总司令朱德、副总司令彭德怀、参谋长叶剑英以及新四军军长叶挺、副军长项英发出“皓电”，说什么“历次不幸事件，其癥结所在，皆缘于第十八集团及新四军所属部队：①不守战区范围，自由行动。②不遵编制数量，自由扩充。③不服从中央命令，破坏行政系统。④不打敌人，专事併吞友军。”于是就提出“第十八集团军及新四军各部队，限于电到1个月内全部开到中央提示地点。第三问题所规定之作战地境内（黄河以北），并对本问题所示其他各项规定切实遵行，静候中央颁发对于执行提示其它各问题之命令。”在“皓电”发出以后，顾祝同就积极制订“防堵计划”。同年12月9日，蒋介石以军事委员会委员长名义下了手令。今文说：“前令第十八集团军及新四军各部开到黄河以北作战；兹再分别地区，宽展时限”。“凡在长江以南之新四军，全部限于本年12月31日前开到长江以北地区，明年1月30日以前开到黄河以北地区作战。”“现在黄河以南之第十八集团军所有部队，限本年12月31日止开到黄河以北地区”。“希即遵照参谋总长10月皓电所示之作战地境内，共同作战，克尽职守，毋得再误。此令！”于是，在1941年1月，当新四军军部和一、二、三支队的部分武装1万人北移时，惨遭国民党军队的包围袭击，除千余人突围外，大部皆壮烈牺牲，酿成了震惊中外的“皖南事变”。而蒋介石在同年1月25日对苏驻华大使说：“新四军之干纪抗命，已非一日，由来已久。余可保证：新四军之种种宣传，纯为谣言，绝不可信……新四军违抗命令，伤害友军与妨碍抗战之事，自去年春夏以来，先后在江北袭击友军，指不胜数，中央一再宽容，冀其终所觉悟。”蒋介石把这次袭击新四军北撤的“皖南事变”与北伐战争时期的“中山舰事变”等同看待。蒋在1月30日的日记上说：“解决新四军案，撤销其番号，此为国民革命过程中之大事，其性质或甚于民国十五年三月二十日中山舰事件也。”
对于皖南事变的真象，国民党一直封锁消息，妄图在国内外舆论面前掩盖事实真相，并极尽颠倒黑白之能事。1月17日，蒋介石公然宣布新四军为“叛军”，取消新四军番号，并将叶挺交军事法庭审判。
面对蒋介石一手製造皖南事变的阴谋和暴行，中国共产党进行了针锋相对的斗争。中共在国统区办的《新华日报》在报导皖南事变的消息时，新闻稿件受到国民党新闻机关的蛮横扣压，为表示抗议，《新华日报》开了“天窗”，周恩来在“天窗”上题词：“为江南死国难者致哀！”“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急2”以表示对国民党当局的强烈抗议。