口授这个命令之后，拿破崙就启程前往耶拿；下午三时，当快接近该城时，他接到兰纳斯送来的报告，说在该城上方的高原，已经有了敌军12,000人到15,000人。拿破崙立即命令勒菲弗尔率领近卫军进向耶拿；苏尔特和内伊也尽最大的速度赶往那里；而达武则从劳姆堡出发以迂迴敌人左翼。接着拿破崙继续向耶拿进发，四点钟稍过一点，在南德格拉芬堡与兰纳斯会合在一起，以后这个地方改名为拿破崙斯堡。
一旦到达该地，拿破崙根据他所能看见的情况，得出了一个错误结论，认为普军的意图是想在这个高原上接受会战。所以他决定把兰纳斯的全军和近卫军，都送上这个高原以钉住敌军，其次再分配两个军去钉住敌人的侧翼，而达武和贝尔纳多特的两个军则乘机打击敌军后背。
虽然取道缪尔沙尔可以迂迴南德格拉芬堡，这也是耶拿-魏玛公路所通过的地区，但是从耶拿城却只有一条小路可以通行。这条小路很窄，虽然步兵可能通过，可是炮兵和车辆却无法通过。于是工兵立即奉命去拓宽较窄的部分，拿破崙亲自提灯在那里监工。当他亲眼看到第一辆炮车通过之后，他又赶回南德格拉芬堡，并命令把他的御营安置在近卫军所组成的一个大方阵的中央，这个地点现在还留有一块“拿破崙石”做为纪念。从那里他可以看见霍恩洛赫的营火闪闪发光，占据了大部分的高原。较远还可以看到不伦瑞克的营火和艾卡特斯堡的敌垒。这个景象更使他确认普鲁士全军并不想撤退，而且有准备会战的意图。
接着在营火照耀下，拿破崙又口授命令决定第二天上午的行动：他的目的是要在高原上获得足够的空间，以便展开兵力，并且在10月15日以前避免决战。他命令奥热罗从卡拉前进，取道缪尔沙尔迂迴托恩钦的右翼；苏尔特则从吉格进到本斯提德，再向克罗斯维兹跃出，打击托恩钦的左翼；至于内伊和缪拉则迅速前进支援兰纳斯。（註：在这个命令中未曾提及任何村落名称，可能的原因是营火光线太弱，使他无法看清地图。）
由于认为普鲁士全军会向他发动进攻，所以在夜里十时，拿破崙又指示布歇命令在劳姆堡的达武，于10月14日清晨向阿波达推进，然后从侧面或后方攻击敌军。在这个命令中有一段是这样的：“如果潘提阿尔弗公爵和你在一起，那么你们可以一同前进。不过皇帝却希望他已经到达指定给他的位置，即多恩堡。”达武于上午三时收到了这个命令。
霍恩洛赫的的敌情判断也是完全错误的。他绝没有怀疑到他所面临着的竟是法军的主力。他相信敌人是只在南德格拉芬堡和劳姆堡，留下一个侧卫做为掩护，而主力肯定正向莱比锡和德勒斯登赶进，所以他觉得目前并无危险。
10月14日的上午异常寒冷，在日出之前，拿破崙开始出发视察兰纳斯的部队。浓雾掩盖着整个高原，不得不由侍卫人员举着火把随护，皇帝骑着马从一个单位走到另一个单位，与军官和士兵谈话，鼓励他们，并且告诉他们说，普鲁士人今天的处境，正好比一年前奥地利人在乌尔姆一样窘迫。他每到一处，部队都欢声雷动，高呼皇帝万岁！虽然雾很浓，可是敌人前哨的距离很近，所以他们可以看见火把的光辉。当听到法军的欢呼时，萨克森部队不禁为之战栗。
上午六时，拿破崙发出攻击令。在浓雾掩护下，舒切特的师从右面进向罗斯维兹；加桑的师从左面进向柯斯佩达。到八点半钟，这两个村落连同鲁兹罗达，都已落入他们手中。半小时后，在舒切特的右面，苏尔特的领先师也从罗本斯提德出现，向柴维提勒森林挺进，在那里面对着霍尔曾多夫。同时，在加桑的左面，奥热罗的领先师也取道缪尔沙尔前进，达到弗罗堡，以便展开在加桑师的左面。所以到了大约九点时，当雾开始消蚀时，拿破崙已经使其战役计划的第一部分完全实现了：他已经获得了足够的空间，可以展开他的兵力。所以他现在决定暂停前进，好让他的部队有时间到达他们的指定位置并构成战线。第六军已经到了耶拿，因为等得不耐烦和担心丧失参加会战的机会，内伊不等命令到达，就先率领了三千精兵赶去助战。
在遇见托恩钦师的逃兵之后，霍恩洛赫才知道他所面临的已不仅是一个法军侧卫。他留下三个萨克森旅在重要的魏玛大路上，命令他们不惜代价死守，接着就命令格拉维尔特将军率领大部分普鲁士步兵，去夺回托恩钦已经丢失的阵地。为了支援他，又命令狄希尔将军的萨克森旅跟随后面前进。他又命令托恩钦的溃兵在后方集合，并补充他们弹药。在向鲁歇尔发出了求救的紧急呼吁之后，他就率领他的骑兵和骑炮兵前进，以掩护格拉维尔特展开。
十点钟时，雾已经完全消尽了，霍恩洛赫的骑兵共计四十五个中队，已经接近了费尔曾海里根村，于是分为两翼，当他们正准备向苏希特和加桑两个师的前进散兵群衝锋时，却突然遭到一个猛烈的攻击，而不能不暂停前进。这个攻击并不是由那两位法国师长发动的，而是内伊乘着大雾掩护，已经率领他的三千精兵前进到了兰纳斯和奥热罗之间，这是连拿破也不知道的。不久他就与普鲁士骑兵发生了激烈的战斗，终于被完全切断，于是被迫把步兵组成方阵以防止骑兵的衝杀。