p; 工藤优作寻求fbi参与这个活动。
他们成功的找到了组织的京都联络地，并将其一举摧毁。
事情传到远东区高层，bokma震怒，他在出差回来的bourbon建议下找到fbi在日的小组根据地报复。
茱蒂当场死亡，詹姆斯也重伤，只有赤井秀一勉强逃脱。
fbi高层获悉了这样的惨讯，同时他们得到匿名线报说找到了东京根据地。
原来之前组织的行动虽然造成了惨重的伤亡，但正面的交锋留下了线索，也与线报吻合。
fbi当机立断，他们派遣特殊行动小组潜入东京，由赤井秀一带队完成剿灭。同时联合icpo向日本政府施压，要求对政界和商界的可疑人士排查。
他们的行动出乎意料的顺利，像是东京内部出了叛徒一样，轻而易举就给予了沉重打击。
然而就在他们想要彻底将这个势力摧毁的时候，组织却像人间蒸发一样，所有的痕迹都被抹去。
间谍篇：
众人对组织为何突然间隐去踪迹好奇不已。毛利叔则敏感的意识到之前拉菲和菲特来日本的目的很可能根本不是他，而是另有图谋。
他从暗处得知当日京都引发一系列行动的所谓gin是另一个叫bourbon的人假扮的。就在毛利叔想要让人进步一去调查这个bourbon是何许人也，灰原哀那边却出事了。
毛利叔本要去阿笠宅接柯南回家，走到半路的时候陪柯南会去取一件东西，却看到灰原哀被人带上一辆黑色的轿车。柯南想要冲过去救她，被毛利叔一掌击晕偷偷逃离，而在回事务所的路上，毛利叔被riphath的一通电话拦下。
三者见了面，riphath试探毛利叔的身份无果。同时柯南醒过来后向riphath询问灰原哀的被抓到底是为什么。席间他向毛利叔坦呈了自己工藤新一的身份和黑衣组织有关的事。
毛利叔掩饰过去后，柯南被riphath告知灰原哀是他们故意置之不理让组织抓走的。
同时riphath告诉柯南，抓灰原哀的并不是他知道的那个黑衣组织。
riphath离开后，柯南与毛利叔定下约定，包括以后向小兰解释清楚道歉等一系列的事，毛利叔也透露以前当刑警的时候有点印象，需要去警局考证。
柯南与他分开和黑羽快斗碰面。黑羽快斗警告柯南不要再插手这件事，否则会有性命之忧。
柯南问他是否与之前riphath提到的“不是黑衣组织”有关，黑羽快斗透露了一部分组织结构给他。
毛利叔找到长谷川空询问拉菲和菲特，后者告诉他他的猜测没错，拉菲和菲特的确是借由fbi的手伺机吞并远东区的势力，现在几乎已经成功瓜分了这里的组织。而灰原哀之所以被那么要紧的抓走，也是因为拉菲和菲特知晓aptx4869的重要性。
长谷川空还告诉他，bourbon是菲特派来远东的。这一系列的事正是由他从中牵线。
毛利叔表示尽管拉菲和菲特得到了他们的分成，但fbi对组织的打击不小。
长谷川空认同他的看法，也认为这件事很可能有fbi的间谍参与。
bourbon的嫌疑不小。
试探篇：
毛利叔决定借由fbi来铲除组织，并试探暗中到底还有谁在调查他。
他让柯南发现gin的行踪，伪装成线人暗示fbi后面有大鱼。fbi没有上钩，仅仅只让赤井带着少数人马前去。反而是icpo很轻易的就出动了大队人马